小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時(shí)，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴希@時(shí)又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個(gè)修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說(shuō)。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過(guò)。

在銀行的出租保險(xiǎn)箱里面，躺著銀行員工園田真知子的屍體，而且外面的鐵門(mén)還拉下，在外面還貼了一張報(bào)警就會(huì)引爆炸彈的紙。新一先將屍體跟室內(nèi)的狀況拍攝下來(lái)，并且要小五郎確認(rèn)倒在里面的女子是不是真知子。小五郎表示突然接到真知子的電話，請(qǐng)他到銀行來(lái)說(shuō)有事情跟他商量，可是當(dāng)他到銀行時(shí)，真知子就已經(jīng)倒在里面...

小蘭找來(lái)醫(yī)生時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)柯南不見(jiàn)了，她四處尋找來(lái)到了犯罪現(xiàn)場(chǎng)，而服部已經(jīng)開(kāi)始了對(duì)兇手的指認(rèn)，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動(dòng)承認(rèn)，這時(shí)，工藤新一出現(xiàn)，他推翻了服部的推測(cè)，并對(duì)兇手重新指認(rèn)，服部甘愿認(rèn)輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說(shuō)句話就躲了起來(lái)變回柯南，休息了三天后，他意識(shí)到老白干是讓他恢復(fù)原形的方法。

少年偵探團(tuán)到商場(chǎng)看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場(chǎng)里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰(shuí)知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來(lái)到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。