隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開(kāi)她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來(lái)到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開(kāi)始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無(wú)角牛，可是卻沒(méi)有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒(méi)想到這時(shí)卻……

柯南和光彥等人在放學(xué)的路上遇到了警察辦案，詢問(wèn)得知，一個(gè)叫江上的婆婆被自己家陽(yáng)臺(tái)的花盆意外砸死，鄰居們都把江上稱為“烏鴉婆婆”，她曾偶然在垃圾堆里翻出中獎(jiǎng)券，于是便常常去翻垃圾窺探鄰居的隱私，而招致大家的反感，就在警方想以意外事件結(jié)案時(shí)，柯南察覺(jué)到從樓頂?shù)粝聛?lái)的花盆很奇怪，經(jīng)過(guò)調(diào)查，他認(rèn)定這是一起蓄意殺人事件。

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說(shuō)說(shuō)英理前來(lái)拜托希望在她出門的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來(lái)到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來(lái)的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號(hào)，桐下無(wú)法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)的意義。

小五郎在樓下喝咖啡時(shí)，看服務(wù)員祥子心事重重的樣子，詢問(wèn)得知，一個(gè)一直給她發(fā)MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發(fā)了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險(xiǎn)，大家都十分擔(dān)心，可當(dāng)務(wù)之急是確定小滿的位置，根據(jù)祥子提供的線索，柯南把目標(biāo)鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個(gè)地方，但打電話過(guò)去詢問(wèn)卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？

小五郎和柯南一起推斷這三個(gè)字的含義卻毫無(wú)頭緒，水無(wú)一句無(wú)意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來(lái)這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無(wú)聊時(shí)寫(xiě)的，接下來(lái)就是門鈴之謎，翌日門鈴再次響起，不過(guò)這個(gè)按門鈴的人卻被柯南抓個(gè)正著，沒(méi)想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無(wú)意中粘在水無(wú)鞋上的竊聽(tīng)器得知，她居然是黑衣組織的人。