經(jīng)過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時，阿淳說自己曾在五點(diǎn)的時候看到過由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會在五點(diǎn)的時候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？

柯南為保護(hù)小蘭扭傷了腳，為安全考慮，大家決定集中到餐廳等待天亮。突然屋內(nèi)停電，黑暗中，繃帶怪人再次出現(xiàn)攻擊小蘭，但被小蘭躲開。柯南根據(jù)目前找到的線索，確定兇手就是電影社部員中的其中一人，在想通了兇手為何多次襲擊小蘭的原因后，他將園子麻醉，借助園子之口，道出真相和兇手。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！

柯南、小蘭和小五郎散步的時候，聽到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發(fā)現(xiàn)不動產(chǎn)社長井本被殺，經(jīng)過排查，犯人鎖定在了曾經(jīng)賣漁具的寺沢、來借錢的土橋和協(xié)商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的法案手法后，利用簡單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網(wǎng)。

小川醫(yī)生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實(shí)在是不知道來歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。