旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

服部在參加劍道比賽的時(shí)候，竟然發(fā)生了命案，死者是大學(xué)生劍道選手垂見，然而奇怪的是，尸體不知道被什么人從第二會(huì)館倉庫搬到了游泳池的更衣室，為了趕在柯南等人到達(dá)大阪之前破案，服部匆忙離開比賽會(huì)場(chǎng)展開調(diào)查，雖然與垂見同隊(duì)的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但卻找不到有力的證據(jù)也無法解釋尸體如何移動(dòng)，就在服部著急破案之時(shí)，服部的勁敵沖田上場(chǎng)連連擊敗他的隊(duì)友。

在收集線索時(shí)，柯南并沒有像以前一樣提出很多的質(zhì)疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測(cè)，之后他們?cè)谀硞€(gè)房間里發(fā)現(xiàn)了本不該出現(xiàn)在這里的拖把，有了這樣?xùn)|西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測(cè)，于是他想要找到能推翻自己想法的證據(jù)，然而，事與愿違，越是深究事情就越是向自己不愿承認(rèn)的方向發(fā)展，面對(duì)如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？

霧之峰賓館的主人寺院晚上開車出去兜風(fēng)，第二天在停車場(chǎng)發(fā)現(xiàn)坐在車子里的寺院已經(jīng)死了。在調(diào)查的過程中發(fā)現(xiàn)每個(gè)人和寺院似乎都有過節(jié)。柯南發(fā)現(xiàn)車罩上裂痕的疑點(diǎn)，而停車場(chǎng)看守的證詞又增加了疑團(tuán)。最終柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并當(dāng)場(chǎng)演示給眾人，而殘留的焦油也暴露了兇手的身份。

柯南眾人手表雖然找到了，但在護(hù)田家看MP4電影的出月被殺害了。柯南確信護(hù)田就是兇手，在調(diào)查了錄影帶機(jī)附近之后終于找到犯人利用錄影帶機(jī)而用花瓶砸暈出月的事實(shí)。而與此同時(shí)警局內(nèi)有關(guān)毛利的卷宗全部被翻閱過的事實(shí)讓柯南驚覺自己是不是被黑衣人組織再次盯上了。在解決時(shí)間之后柯南匆忙回到事務(wù)所發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人原來只是虛驚一場(chǎng)。