小五郎受到一個(gè)名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來(lái)到群馬縣調(diào)查真相，途中他們遇見(jiàn)了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個(gè)名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯(lián)系？辰彥父親同時(shí)也是約見(jiàn)地點(diǎn)光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺(jué)得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時(shí)候，遇見(jiàn)了一個(gè)讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長(zhǎng)發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開(kāi)這種不愉快的氛圍時(shí)，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個(gè)曾與死者有過(guò)節(jié)的人成為了首要懷疑對(duì)象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰(shuí)？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤子？

少年偵探團(tuán)與白鳥(niǎo)警官在電影院偶遇，期間，他回想起了自己想要成為警官的理由，這時(shí)，一名叫笠倉(cāng)那海的小姐與大家相識(shí)，并且她與白鳥(niǎo)警官曾經(jīng)相識(shí)過(guò)女孩一樣，會(huì)用吸管包裝紙做成的花帶裝飾樂(lè)杯，難道她就是白鳥(niǎo)回憶中的少女？在聽(tīng)說(shuō)那海被跟蹤狂騷擾之后 ，大家一起前往她現(xiàn)居住的公寓 卻在發(fā)現(xiàn)她的男友橫尸家中，這是跟蹤狂犯下的命案嗎？還是這根本就是那海的自導(dǎo)自演？

在咖啡廳進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，柯南提醒警方和小五郎，他們?cè)?jiàn)到的久瀨或許并不是她本人，這時(shí)，莊堂提議帶他們?nèi)ゾ脼|買洋裝的服裝店，并證實(shí)了久瀨一個(gè)人來(lái)買衣服的事實(shí)，加之在咖啡廳打碎的杯子上檢測(cè)到久瀨的指紋，這些無(wú)疑都成了莊堂無(wú)法犯案的證明，然而，不論計(jì)劃多么嚴(yán)密，都無(wú)法瞞過(guò)柯南的眼睛，他將喋喋不休的小五郎麻醉并躲在柜臺(tái)后面道出了真相。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！