紀曉嵐拿到賬本后隱隱不安，果然有人趁紀曉嵐不備時搶走賬本。乾隆和瑤琴經過生死磨難，已是兩情相悅、不能自已。收到張了了送來的賬目，和珅將假賬目交與盧焯以做郭天貪污的證據，由于瑤琴被救，和珅與盧焯決定改變計劃，同意郭天自盡，對外宣稱其是畏罪自殺。乾隆藥醒，得知自己身份已暴露，干脆帶瑤琴趕往浙江營救郭天。劉全再次用柳哥要挾張了了，讓其做偽供，佯稱和珅給盧焊的假賬目是從紀曉嵐身上搶走的真賬目。瑤琴擊鼓鳴冤，和珅與盧焯見乾隆駕到慌忙升堂。乾隆堂上審訊，和珅與盧焯讓張了了出面，試圖將責任推到紀曉嵐身上而瞞天過海，誰知紀曉嵐拿出真賬本，并聲稱自己早已有所防備，張了了搶走的只是副本。

皇上自號“許仙”來到公堂上，主動作證，“指鹿為馬”和不敢再做“和”，在燕城官員面前狼狽不堪，紀曉嵐揚眉吐氣，乘勝追擊。和遭戲弄，不敢公然發作，只得指桑罵槐，以泄私憤。為了搞清貪案主犯大通錢莊的薛老板真實身份，二人不免還要再來一次口舌之爭。 劉志婦人多年來忍受相思之苦，如今母子團圓，可謂喜從天降，但也不愿給皇上的前程添麻煩，力勸兒子以國為本，速速返回京城。與此同時，福康安暗送十四王爺一道可以暢通無阻之令牌，謀害之心不死。為促使王爺及早離開，四姑娘加意接受福的感情。 小月女扮男裝，奉紀氏之命，率官兵查封私自囤糧，謀取暴利的不法奸商薛大老板的店鋪，不想薛大老板竟是剛剛與皇上母子相認的柳志夫人，柳志夫人不甘示弱，亦婉轉點出與“許仙”的特殊關系，把難題留給了毫無心理準備的紀曉嵐，和為此暗中得意。 是屈從皇親國戚，枉國家之法，還是剛直不阿，徹底追查元兇，考驗紀曉嵐的不僅有心存負疚庇護生母的皇上，更兼那挑撥離間，趁機誣陷的和，他該何去何從呢？

齊蘇圖對大夫洪仁軟硬兼施，得到了一劑可以使人致瘋的藥方。齊蘇圖讓牢頭將藥放到雞湯里。紀曉嵐用散銀試出湯里有毒。為了麻痹對方，紀曉嵐假裝將湯喝下。小月在和珅手下的胡亂指示下，找遍了每個地方卻一無所獲。銀妃懇請乾隆嚴查齊家暴尸一案，乾隆應允。紀曉嵐無意中得知湯里的藥會使人致瘋，于是將計就計，開始裝瘋。小月發現了一直跟梢的劉全，知道其中有鬼。小月要進宮面圣，和珅忙加以阻攔。這時劉全來報，聽說紀曉嵐瘋了，和珅立刻變得有恃無恐起來。得知紀曉嵐失蹤，乾隆決定查個究竟。乾隆設計假裝巧遇和珅和小月，然后提出要調查吏治，誰先進牢誰贏。和珅大鬧集市，誰知官差視而不見。乾隆假裝要殺小月，官差卻見死不救。三人使盡渾身解數，終于同時入了獄，監獄里發現了瘋瘋癲癲的紀曉嵐，乾隆和小月見狀痛心疾首。乾隆怒斥順天府尹玩忽職守，將其革職查辦。紀曉嵐在大殿之上裝瘋賣傻，把和珅和齊蘇圖一頓臭罵，透露了很多隱情。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。