紀曉嵐拿到賬本后隱隱不安，果然有人趁紀曉嵐不備時搶走賬本。乾隆和瑤琴經過生死磨難，已是兩情相悅、不能自已。收到張了了送來的賬目，和珅將假賬目交與盧焯以做郭天貪污的證據，由于瑤琴被救，和珅與盧焯決定改變計劃，同意郭天自盡，對外宣稱其是畏罪自殺。乾隆藥醒，得知自己身份已暴露，干脆帶瑤琴趕往浙江營救郭天。劉全再次用柳哥要挾張了了，讓其做偽供，佯稱和珅給盧焊的假賬目是從紀曉嵐身上搶走的真賬目。瑤琴擊鼓鳴冤，和珅與盧焯見乾隆駕到慌忙升堂。乾隆堂上審訊，和珅與盧焯讓張了了出面，試圖將責任推到紀曉嵐身上而瞞天過海，誰知紀曉嵐拿出真賬本，并聲稱自己早已有所防備，張了了搶走的只是副本。

莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

原甘肅番臺王廷贊是紀曉嵐揭露“監糧”案內幕盯上的第一個目標，不想此人滴水不露，圓滑至極。紀曉嵐受一街頭雜耍藝人的啟發，邀其模仿王旦望的聲音與紀對話，躲在書房的王廷贊聽到原先與自己串通口徑的上司無情的出賣自己，在為憤恨，不識中了離間計一五一十向紀曉嵐告發了許多實情。并積極地獻計獻策。紀曉嵐輕而易舉便得到了極為復雜，隱秘的細節。 王旦望要派心腹沈師爺，對王廷贊軟硬兼施，誘其翻供。同時亦決定利用皇上對其才智出眾的義女的特殊好感，作為自己在這場特殊較量中取勝的籌碼。卿憐想念其早年救自己于煙花柳巷，表示愿為之赴湯蹈火。 卿憐貌美如花，才思敏捷，給圣上所出的一副難度極大的對聯對出了下聯，贏得眾從青睞。 因王廷贊出爾反爾，皇上假意申飭紀曉嵐辦案不利，發配他遠赴西域，實則是不滿前期而至的和貪功冒進，出師不利，特派紀曉嵐到那里取而代之，蘇卿憐替父送行，因敬重紀曉嵐的為人和學問，以一荷包相贈。

為避免和珅從中舞弊，紀曉嵐自薦調查此事。紀曉嵐推薦不畏權勢的海升進行調查。和珅讓劉三盡快將煤窯脫手，劉三似有難言之隱。小月假扮皇室之人，與海升進山察探，表示要買下煤窯并約劉三在酒樓詳談。劉三得知后暗自慶幸，迫不及待地前去和海升商談買賣煤窯之事，被早已等候于此的紀曉嵐捉拿歸案。和珅表示自己查出劉三是開窯之人，并要求紀曉嵐從嚴查處，以示自己秉公執法。眾人規勸海升看在和珅的面上放過劉三，以給自己留后路，海升堅持要秉公處理，和珅擔心劉三供出真正的幕后主使而連累自己，于是命劉三服毒自盡。海升欲繼續調查，卻得知劉三已死并被家人拉回老家埋葬。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。