一家房地產(chǎn)公司的黑心社長(zhǎng)東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預(yù)告電話，而對(duì)方的目標(biāo)就是東先生。嫌疑人有三個(gè)，小五郎和柯南一一找他們確認(rèn)過(guò)，調(diào)查過(guò)程中柯南察覺(jué)到了一絲異常。三個(gè)嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開(kāi)了推理，但就在結(jié)果出來(lái)后眾人卻都露出了詭異的笑容。

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說(shuō)靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過(guò)時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來(lái)到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來(lái)度假的客人井出正也無(wú)意間談起了7年前很熱門(mén)的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

根據(jù)死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時(shí)他發(fā)現(xiàn)還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來(lái)了三名有作案嫌疑的游客，經(jīng)過(guò)秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時(shí)他也意識(shí)到，世良可能已經(jīng)知曉自己的真實(shí)身份。

柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會(huì)場(chǎng)后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開(kāi)往火葬場(chǎng)。情況十萬(wàn)火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場(chǎng)，而棺材內(nèi)卻并沒(méi)有找到柯南，在大家束手無(wú)策時(shí)又傳來(lái)了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場(chǎng)，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。