清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發(fā)現(xiàn)了一個(gè)沒(méi)有指紋的口風(fēng)琴，柯南認(rèn)為這并不是簡(jiǎn)單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長(zhǎng)中山的辦公室進(jìn)行調(diào)查時(shí)，這里的監(jiān)視器引起了柯南的興趣，在對(duì)監(jiān)視器進(jìn)行了簡(jiǎn)單的操作后和攝影內(nèi)容簡(jiǎn)單回查后，兇手浮出水面。

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小川醫(yī)生這兩年來(lái)不斷收到未署名的錢和玩具，實(shí)在是不知道來(lái)歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過(guò)程中看到柯南翻閱病例的小蘭對(duì)柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

這天，少年偵探團(tuán)跟阿笠博士一起來(lái)到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場(chǎng)由博士的朋友三上導(dǎo)演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說(shuō)出了電影要在今年終結(jié)的事實(shí)。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來(lái)松井竟然被人刺殺！當(dāng)少年偵探團(tuán)的各位趕到片場(chǎng)時(shí)看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場(chǎng)！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無(wú)頭緒的現(xiàn)場(chǎng)在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

經(jīng)過(guò)小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時(shí)，阿淳說(shuō)自己曾在五點(diǎn)的時(shí)候看到過(guò)由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會(huì)在五點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？