牛迂的死因是喝了摻進(jìn)氰化鉀的綠茶后中毒身亡。神奈川縣的橫溝警官發(fā)現(xiàn)裝著氰化鉀的瓶子翻倒在尸體下。然而牛迂打開了綠茶的瓶蓋后沒人再碰過(guò)，因而他斷定這是自殺案件。但柯南卻對(duì)此很懷疑。之后柯南發(fā)覺元太的舉止很古怪，于是調(diào)查三瀨等人的車內(nèi)垃圾，找到了決定牛迂絕他殺的證據(jù)。犯人也最終承認(rèn)了自己的罪行。
這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說(shuō)說(shuō)英理前來(lái)拜托希望在她出門的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來(lái)到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來(lái)的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號(hào)，桐下無(wú)法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)的意義。
阿笠博士帶著柯南等人一起來(lái)到丸見碼頭釣魚，還在這里結(jié)識(shí)了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚的位置，唯獨(dú)江尻一人在防波塊上釣魚，經(jīng)過(guò)了漫長(zhǎng)的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚，其余人均無(wú)所獲，就在大伙兒準(zhǔn)備離開時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。
阿笠博士帶少年偵探隊(duì)一起去露營(yíng)，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時(shí)，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來(lái)說(shuō)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來(lái)到發(fā)現(xiàn)石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發(fā)現(xiàn)了一具被人勒死的尸體，這里到底發(fā)生過(guò)什么？柯南將石燈籠暗號(hào)破解，居然是關(guān)于寶藏的信息。
公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動(dòng)，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對(duì)人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語(yǔ)》又能否完美謝幕？