妖怪倉(cāng)庫(kù)是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉(cāng)庫(kù)，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o(wú)話可說(shuō)的表情而干勁滿(mǎn)滿(mǎn)。在調(diào)查了倉(cāng)庫(kù)內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤(pán)，除此之外別無(wú)他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開(kāi)倉(cāng)庫(kù)的門(mén)時(shí)，里面的寶物就全都消失不見(jiàn)，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉(cāng)庫(kù)真的存在？

阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時(shí)候，遇見(jiàn)了一個(gè)讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長(zhǎng)發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開(kāi)這種不愉快的氛圍時(shí)，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個(gè)曾與死者有過(guò)節(jié)的人成為了首要懷疑對(duì)象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰(shuí)？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤(pán)子？

這天小五郎在賽馬之后來(lái)到小酒館巧遇了同樣賽馬的幾位同好。在屋外抽煙的小五郎遇到了來(lái)找他的小蘭和柯南，就在眾人回到小酒館時(shí)忽然發(fā)現(xiàn)酒館老板娘被刺身亡！在警方調(diào)查了酒館的幾位客人之時(shí)發(fā)現(xiàn)扇小姐為了挽救自己的舞蹈班向老板娘借錢(qián)的事實(shí)，而其他幾位客人也多少有把柄被老板娘抓住。柯南在勘察現(xiàn)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)了犯人的身份！

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來(lái)的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒(méi)想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說(shuō)出了真相！

在參加大學(xué)校慶的柯南和小蘭等人遇到了殺人事件，就在警官要判定為自殺事件的時(shí)候，在柯南的引導(dǎo)下警方判斷此次為他殺事件。而安菜在小蘭她們進(jìn)來(lái)之前已經(jīng)死亡，但此時(shí)如何讓桌子擺動(dòng)的事情成為了破案的關(guān)鍵，而表演時(shí)站在安菜周?chē)娜顺闪酥攸c(diǎn)懷疑對(duì)象。經(jīng)過(guò)對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的調(diào)查柯南很快發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在確鑿的證據(jù)面前犯人最終承認(rèn)了罪行，并說(shuō)出了殺死安菜的理由。