小蘭從昏迷中醒來時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時(shí)FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

警察在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現(xiàn)場，并從一名警察那里聽到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對象。另一方面，水無憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當(dāng)他和柯南趕到案發(fā)現(xiàn)場時(shí)，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開了調(diào)查，據(jù)周圍人所說，在案發(fā)期間并沒有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當(dāng)時(shí)也有充分的不在場證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他重新推斷死亡時(shí)間，并斷言這里并非案發(fā)的第一現(xiàn)場。