柯南得知了整個案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請出了這起案件的關鍵——三郎，就在大家疑惑時，屋子里又出現了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來就是戳穿兇手，揭示真相的時刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒錯，兇手就是……

光彥建議讓亞瑟聞道爾的味道幫忙找道爾，可亞瑟卻從和式里叼出一個坐墊，柯南發現和式里的坐墊比之前多了一個，他又將道爾聽到時鐘之后發生的事情全部梳理了一遍，并且還在客廳的走廊上找到了曾經出現在焚化爐里的玻璃棉，有了這些線索一切謎題迎刃而解，找到道爾之后，少年偵探分工合作，將它失蹤時的場景重演一遍，揪出了藏匿道爾的歹徒。

柯南，小蘭與小五郎去花亂亭餐廳用餐。鄰近餐廳的大廈正好在進行拆卸，所以感覺的到震動。然而，店主花岡與妻子禮子之間不對勁的氣氛。柯南他們又看見花岡為炊事與和田在爭論。當晚，喜歡釣魚的花岡在制作釣魚工具的時候死亡。經過調查柯南推理出了兇手的真實身份。同時告訴罪犯花岡其實從來沒有忘記過愛這樣一個殘忍的事實。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同伙，當公車駛入隧道時，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……

青野木亮藏是在形成密室的茶室中被殺的，橫溝警官開始詢問時卻發現沒有人到過茶室,所有人都有不在場證明。在調查茶室外圍的時候柯南發現了兇手的犯罪手法和證據。“沉睡的小五郎”召集大家道出了兇手利用一根繩子的作案手法和犯人的身份。在鐵證下兇手終于承認自己的罪行并道出了原因。