帝丹高中最近發生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫生，于是一行人在園子的帶領下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導致保坂死去的樓梯，經過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現了保坂的書桌……

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進行地球遺產登陸委員會那里派來的缺德調查官川治，但柯南卻發覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

在柯南與少年偵探團的孩子們及阿笠博士看比賽歸途的電車內，支持者赤野被殺。犯人確定在3個人之中。卻沒有決定性的線索。柯南從哀收看的比賽轉播中得到提示，看穿了犯人的謊言。并揭穿了犯人其實沒有看比賽只是通過廣播收聽比賽過程的謊言。而犯人也道出了為被赤野殺掉的弟弟報仇的動機。而此時柯南發現灰原遠離人群，追過去后只看到列車奔馳而去？

元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發現了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現了本不該在這個季節出現的甲蟲，為了進一步進行調查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅車趕往群馬，在這里他們認識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當得知白井被殺的消息后，每個人都連忙推卸，但根據目前掌握的線索，兇手一定就在他們三人之中。

光彥暑假沒有來做廣播體操，柯南他們造訪光彥家，得知光彥一早就出去一個人去野營。實在沒有理由來解釋光彥的單獨行動。柯南他們一路上問過去，才知道光彥搭乘巴士與電車來到群馬縣的一個小站。而且似乎是進入了森林。柯南他們用追蹤眼鏡開路，卻遇到了群馬縣的警察他們。柯南他們得知之前連續殺人犯沼淵己一郎也逃到這個森林中，不由得為光彥擔心起來！