阿笠博士帶少年偵探隊一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發現了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發現石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發現了一具被人勒死的尸體，這里到底發生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關于寶藏的信息。

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發生了……

某個炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號讓他們進行尋寶，內容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個暗號居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時擔任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊出動，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢而被打昏的片岡秘書大貫，面對人財兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語》又能否完美謝幕？

女主播水無憐奈拜托小五郎調查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續兩個月無故響起，但卻從未發現有任何人出現在附近的跡象，并且門口還曾出現過一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現了聲響，聽完水無的描述，柯南在她家門口的墻上粘了發信器，企圖竊聽門外的動靜，之后，又獨自來到隔壁房間調查并在玻璃門上發現了“木、美、和”三個字。