在公園與照顧貓的老奶奶大森靜結(jié)識(shí)的柯南他們，次日按約定來幫忙。但是，靜沒有出現(xiàn)，好象從前天起就沒回過公寓的樣子。為此擔(dān)心的柯南他們由于靜打理家務(wù)的女仆人的阻擾而沒能進(jìn)靜的家得到線索。就在一愁莫展之時(shí)，帶著老婆婆絲巾的貓布魯斯出現(xiàn)在柯南他們面前。柯南推斷出婆婆肯能被他人綁架，少年偵探團(tuán)開始解救婆婆的任務(wù)！

警方對(duì)鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時(shí)他卻并沒有不在場證明并且之前他曾與船木發(fā)生過爭吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開了調(diào)查，柯南注意到來往這里火車，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動(dòng)機(jī)以及她的手法到底是什么？

柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對(duì)方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

毛利偵探事務(wù)所來了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？