電視臺(tái)為了舉辦一場(chǎng)東西推理大對(duì)決，便邀請(qǐng)小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺(tái)的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準(zhǔn)備返回時(shí)，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進(jìn)行推理時(shí)，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。

毛利偵探事務(wù)所來了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

柯南他們少年偵探團(tuán)坐阿笠博士的車去野營。在那里認(rèn)識(shí)了4個(gè)戶外同好會(huì)的大學(xué)生。晚上他們中間的泰美卻不見了。柯南他們?yōu)榱藢ふ姨┟蓝鴣淼椒艧熁ǖ母吲_(tái)，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達(dá)高臺(tái)后仍然不見泰美的蹤影，在回來的路上，卻發(fā)現(xiàn)了倒在路邊的泰美遺體出現(xiàn)在街上。雖然看似事故的現(xiàn)場(chǎng)但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

在電梯邊被殺的中條寫下暗號(hào)『○×△』。還有一個(gè)文字是在殺害現(xiàn)場(chǎng)的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場(chǎng)所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機(jī)的存在從而推理出死亡信息的真實(shí)意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號(hào)般的文字。而在對(duì)照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

在柯南與少年偵探團(tuán)的孩子們及阿笠博士看比賽歸途的電車內(nèi)，支持者赤野被殺。犯人確定在3個(gè)人之中。卻沒有決定性的線索。柯南從哀收看的比賽轉(zhuǎn)播中得到提示，看穿了犯人的謊言。并揭穿了犯人其實(shí)沒有看比賽只是通過廣播收聽比賽過程的謊言。而犯人也道出了為被赤野殺掉的弟弟報(bào)仇的動(dòng)機(jī)。而此時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)灰原遠(yuǎn)離人群，追過去后只看到列車奔馳而去？