來(lái)到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時(shí)被步美打斷，藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽(yáng)錯(cuò)到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

柯南以工藤新一的身份聯(lián)系沢栗熏，并讓他拍照傳送這三位嫌疑犯的簽名書，期間，新一得知了沢栗熏的外號(hào)鶯鳥并推敲出了沢栗未紅取綽號(hào)的規(guī)則，根據(jù)死者生前在SNS留下的信息，新一知道了兇手是誰(shuí)，但他卻無(wú)法冒著犧牲兩條人命的風(fēng)險(xiǎn)揭露真相，所幸警方的狙擊手已經(jīng)就緒，然而，小蘭卻做出了讓人吃驚的舉動(dòng)……

照經(jīng)營(yíng)管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說(shuō)法，小五郎每個(gè)禮拜都會(huì)到她家里幫忙解決難題，對(duì)此感到難以置信的小蘭和柯南一起來(lái)到了桐谷婆婆家里等待，而出現(xiàn)的卻是自稱婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內(nèi)傳來(lái)了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發(fā)現(xiàn)尸體的三個(gè)房客之中。

柯南和小蘭跟著小五郎一起參加他的老朋友結(jié)婚前的慶祝會(huì)，在熱鬧的氣氛中新娘加門初音小姐前往美甲沙龍做指甲，但是沒想到兩小時(shí)后初音小姐留下了“永別了”這句話后隨著停車場(chǎng)的爆炸聲變成了一具尸體，從掉落在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的假指甲上采集到的皮屑與新郎伴場(chǎng)的DNA幾乎完全吻合，而初音小姐雇來(lái)的偵探安室透也將事件的矛頭對(duì)準(zhǔn)了伴場(chǎng)。