帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過來，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

因?yàn)樾√m不在家，柯南和小五郎決定去杯戶町的一家拉面館吃飯，雖然這家飯館標(biāo)榜的是美味的要死的拉面，但店面卻相當(dāng)破舊，隨后，想要在這條商業(yè)街炒地皮的奸商西津也來到這里并與老板小倉、店員彩代以及隔壁理發(fā)店長谷中發(fā)生了激烈爭吵，使這里的氣氛變得一團(tuán)糟，唯一值得安慰的是端出的拉面果真是絕頂美味，然而，西津卻在吃完拉面后倒地身亡，是意外還是謀殺？

看起來像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話，感到不妙的柯南急忙躲進(jìn)廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。

少年偵探團(tuán)對于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來的他們和柯南一起展開了調(diào)查，聰明的賈斯丁并沒有坐以待斃，顯眼的他四處留下關(guān)于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒有結(jié)束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點(diǎn)，柯南能感覺到這件事情還不止這么簡單。

以幕末的長崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。