千葉警官在警局四處詢(xún)問(wèn)有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無(wú)所獲，這天他回到家，收到了聲稱(chēng)是自己宇宙第一大粉絲的人寄來(lái)的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽(yáng)奈的女高中生來(lái)到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶(hù)公園“UFO”一事。杯戶(hù)公園隔壁的杯戶(hù)高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來(lái)的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來(lái)了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開(kāi)救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

唐三放心不下父親唐昊，知道他是因?yàn)樗寄钏廊サ钠拮尤貌湃杖战杈茲渤睿脐唤杩诨貋?lái)拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應(yīng)以后不再喝酒，對(duì)唐三千叮嚀萬(wàn)囑咐，唐三發(fā)誓要做最厲害的魂師，希望學(xué)成歸來(lái)唐昊能把母親的事全部告訴他。村長(zhǎng)帶著唐三很快來(lái)到諾丁魂師學(xué)苑，自稱(chēng)大師的玉小剛在門(mén)口悠然自得看書(shū)，他檢驗(yàn)了唐三的武魂就放行，學(xué)員柳龍卻攔住了唐三，對(duì)他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒(méi)有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來(lái)學(xué)苑當(dāng)附課生，而且學(xué)費(fèi)和食宿全免，柳龍對(duì)唐三出言不遜，要把村長(zhǎng)趕走。蕭塵宇及時(shí)趕來(lái)為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門(mén)，熱情歡迎他入學(xué)，還幫他安排好宿舍，村長(zhǎng)才放心離開(kāi)了。蕭塵宇聽(tīng)說(shuō)唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認(rèn)是藍(lán)銀草，柳龍對(duì)這個(gè)廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據(jù)他的研究推測(cè)唐三應(yīng)該不止一個(gè)武魂，所以他苦苦追問(wèn)唐三的另一個(gè)武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說(shuō)謊，也沒(méi)有多問(wèn)，就帶他去辦入學(xué)禮，還簡(jiǎn)單介紹了學(xué)苑的情況，玉小剛讓唐三

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門(mén)進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開(kāi)事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車(chē)上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無(wú)奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

柯南和平次傳來(lái)歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門(mén)，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢(xún)問(wèn)細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過(guò)一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。