小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來(lái)到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？

平松正樹刺殺了社長(zhǎng)梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時(shí)的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認(rèn)了罪行。

震撼警視廳 1200萬(wàn)人質(zhì) (之一)佐藤警官回憶起了三年前發(fā)生的事情，當(dāng)時(shí)她所在的搜查科來(lái)了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動(dòng)。某日，警局再次收到了連續(xù)三年都在這一天發(fā)來(lái)的傳真，看過內(nèi)容后，松田不由分說的趕去摩天輪，并在那里發(fā)現(xiàn)了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報(bào)仇，他只身犯險(xiǎn)，卻不幸殉職。這時(shí)，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥警官，豈料悲劇再度發(fā)生。

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調(diào)換毛巾時(shí)，柯南卻重返飯桌，回憶當(dāng)時(shí)自己為拿醬油和辣油轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)桌面時(shí)的場(chǎng)景，這時(shí)他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識(shí)人員確認(rèn)了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發(fā)時(shí)的位置做好，并重現(xiàn)當(dāng)時(shí)的場(chǎng)景，而兇手卻在不知不覺間自己露出了馬腳。

某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無(wú)頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說這個(gè)人已經(jīng)出車禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。