一名老護(hù)士告訴柯南，她以前見過英祐并且在他小的時候還因白血病做過手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個人，為找出那個在醫(yī)院調(diào)查水無憐奈的人，柯南想出了一條妙計，他直接與這三個嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來的行動中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當(dāng)他和柯南趕到案發(fā)現(xiàn)場時，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開了調(diào)查，據(jù)周圍人所說，在案發(fā)期間并沒有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當(dāng)時也有充分的不在場證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他重新推斷死亡時間，并斷言這里并非案發(fā)的第一現(xiàn)場。

工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時，他因為誤食解藥的身體開始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當(dāng)時的案發(fā)現(xiàn)場日源村長家，并在這里碰見了記者河內(nèi)深里以及屋田誠人的同學(xué)水川萌生。

柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的時候，將事情的來龍去脈全部告訴了灰原，沒過一會兒，高木警官趕來辦案，柯南詢問后得知這家酒店里的一家藝人事務(wù)所社長被人槍殺，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因為不能暴露身份，所以他接受偵訊時支支吾吾的表現(xiàn)更顯可疑，于是，柯南打電話給茱蒂老師讓她前來解圍。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時，警方找到了一個裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對象。另一方面，水無憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。