乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

懾于群臣的偏見和太后的重壓，皇上就莫愁之事做了妥協，但把心中郁悶從此變得喜怒無常。紀曉嵐對皇上失信于人，始亂終棄的懦夫行為大加評擊針貶。 為平復心牢騷怨氣，皇上便服登臨紀府，偏遇沒心沒肺的三姑漫無邊際地胡吹亂侃，搞得更是心神不寧。有關莫愁的話題又格外刺傷了皇上的隱痛。紀決心舍江山娶莫愁。這一想法使得太后和朝中大臣大為恐慌。 紀曉嵐雖厭惡和卻憐愛其子豐紳殷德，請太醫療治他因傷失明的雙眼。小月感念公子純良，又是為國殺敵的功臣，殷勤服侍，表示愿放棄軍豪而與豐紳殷德廝守終生。軍豪亦親自吹奏起歡快喜慶的樂曲，為二人婚事祝福。豐紳殷德則表示不能奪人所愛，接受憐憫。 太后為避免皇帝遜位，勉強恩準莫愁入宮，但條件卻是要她墮去腹中之胎。莫愁、皇上難以接受，決意遠走高飛。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

"紀曉嵐邀請縣宮張萬節著便裝與自己外出吃飯。席間，不明真相的飯館老板在紀曉嵐的詢問下痛斥張萬節花錢買官、魚肉百姓。張萬節羞怒交加卻不好發作。送走紀曉嵐后張萬節下令逮捕飯館老板以報當日蒙羞之仇。紀曉嵐和小月返回飯館，告知老板真相，老板深感大禍臨頭。紀曉嵐讓其配合自己施計并保證其毫發無傷。面對前來抓捕老板的衙役，扮作乞丐的紀曉嵐大罵張萬節，被一同押走。張萬節正欲對二人用私刑，小月趕到，張萬節這才意識到自己中了計。紀曉嵐建議乾隆在江南開恩科選舉人才。小月跑到房梁上生悶氣，紀曉嵐只得也上房相勸，不想失足摔落。和珅前來探望，幸災樂禍地表示皇上準派自己為主考官，紀曉嵐后悔不迭。乾隆駕到，宣布小月為監督巡閱，以杜絕考場徊私舞弊。得到和珅指示的趙文龍賄賂考官左山傀安排考場作弊之事。左山傀想到自己清白一生卻毫無升遷機會深感不平，最終沒能經受住誘惑。

紀曉嵐以虛套實，誘騙燕城知府交待出他與欽差大臣福康安等共同侵吐賑災糧款的罪行，努力搜集各種證據。隨之而行的小月天真、率真，常常不假思索地流露出實情。幸虧紀曉嵐見機行事，巧妙周旋，才未露破綻。 莫愁陪皇上費勁周折終于找到了奶娘的故居，未料其家人俱已亡故。二人剛要離開，遭一群不明身份者追殺。萬分危急之際，被一雍容華貴的老婦人相救。在老婦人家的高欞上，皇上猛然發現了與那半片金鎖相吻合的圖案。難道自己的身世之謎馬上就可以云消月明、水落石出了嗎？皇上忐忑不安，扼腕嘆息之間，種種顧慮又上心頭。 福康安以護駕之名，趕至燕城，指證紀曉嵐假借和之名，二人對質，憑著一副所向披靡的鐵齒銅牙，紀曉嵐變被動為主動，化腐朽為神奇。弄得那些不明真相的燕城官員莫衷一是，氣得福康安七竅生煙。 和派人以所謂的“天地會”之名，假意擁戴十四王爺篡權奪位，實則包藏禍心，以嫁禍十四王爺而使皇上放棄對貪污案的關注，四姑娘覺察到其中盤根錯節的險情，將王爺救出。 皇上步入佛堂，手中半片金鎖與桌上的金鎖恰是一對，臉上一片難掩之情，恰在此時，身后射來一簇飛鏢。