少年偵探隊(duì)在調(diào)查連續(xù)闖空門(mén)事件的時(shí)候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來(lái)這名叫細(xì)野的小姐在買(mǎi)回來(lái)的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細(xì)野卻有不在場(chǎng)的證明，這時(shí)，她的鄰居德永先生剛好回來(lái)，他說(shuō)昨天聽(tīng)到細(xì)野房中有爭(zhēng)執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個(gè)沙發(fā)其實(shí)是從細(xì)野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點(diǎn)，就在大家一籌莫展時(shí)，光彥說(shuō)他知道誰(shuí)是兇手……

柯南等人通過(guò)電訊公司查到了三個(gè)可疑人士，之后，他們又分別向當(dāng)時(shí)不明人打電話的出處進(jìn)行確認(rèn)，最終將目標(biāo)鎖定在一家以推理家命名的店，店主說(shuō)當(dāng)時(shí)打電話的是一個(gè)帶著墨鏡常來(lái)光顧的客人，于是，柯南等人迅速趕往此處，正巧遇到了這名客人，就在小五郎要上前詢問(wèn)時(shí)，柯南將他麻醉，把事情的來(lái)龍去脈說(shuō)的一清二楚，并利用小孩子的身份，從墨鏡男口中騙取了這個(gè)手機(jī)的號(hào)碼，警方順藤摸瓜，找到了手機(jī)主人的住處，還發(fā)現(xiàn)了有關(guān)賄賂的賬簿。

從現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查回來(lái)以后，柯南已經(jīng)知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據(jù)，萬(wàn)事俱備，柯南用花言巧語(yǔ)讓小五郎做了特別辯護(hù)人，開(kāi)庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對(duì)戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。

和葉與小蘭在廚房找食物的時(shí)候，柯南和服部也出現(xiàn)在那里，并且兩人又在椅子下面發(fā)現(xiàn)了奇怪的名字，絞盡腦汁想要破解這些文字含義的柯南與服部?jī)扇藚s因?yàn)楹腿~無(wú)意中的一句話而茅塞頓開(kāi)，雖然知道了兇手是誰(shuí)，但卻找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，于是二人設(shè)下圈套讓兇手自投羅網(wǎng)，一切都按計(jì)劃進(jìn)行，兇手果然有所行動(dòng)，可他卻不知道等待他的是兩名偵探！

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過(guò)的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開(kāi)發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來(lái)的郵件，然而，讓他們沒(méi)想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒(méi)有打開(kāi)，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來(lái)沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？