情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫(yī)院，當(dāng)白根和金谷想要一同前往時，柯南卻出口阻撓，因為這起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現(xiàn)在能做的就保護犯案現(xiàn)場等待警察的到來。期間柯南對現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查發(fā)現(xiàn)了一些線索，并在阿笠博士打來電話報告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個案發(fā)現(xiàn)場，沒想到會有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價蛋糕，在這里每個師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長橋垣，而嫌疑最大的就是這三個蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對每個人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無疑讓躲在樓頂?shù)木褤羰譄o法射擊，此次計劃也只好暫時取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開并讓他們保護好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車?yán)^續(xù)進(jìn)行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進(jìn)行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥矢大橋。

小五郎受狩谷伴子太太所托來到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機，隨后大家分別對可能拿走手機的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問，卻并未找到，反而在小五郎等人離開的時候，伴子找到了手機。本以為一切就此結(jié)束，誰也沒想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個人都有不在場證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……