阿笠博士為了鑒定古董壺的價值而在影音網站上傳了影像，沒想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購買咖喱食材的那段時間內，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標卻是讓柯南他們尋找簡訊中的貓，在柯南等人來回奔波時綁架犯又發(fā)來了訊息，聲稱找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？

為了趕上先搭上巴士前往滑雪場的少年偵探團一行人，柯南和灰原只好請昴先生駕車前往，途中他們巧遇高木警官，正在和高木警官談話的時候事件發(fā)生了。趕往現(xiàn)場后他們看到了從公寓高樓墜落的遺體，案發(fā)現(xiàn)場附近發(fā)現(xiàn)又三人認識墜落的男子，在搜查之后啤酒的泡沫、咖啡的熱氣和未燃完的香煙成為了三人不在場證明的證據(jù)。

在警方介入調查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機關，在塔內他們還遭到了神秘人物的追趕，當柯南反應過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

現(xiàn)場的鄰居是前男友（前篇）

正在用餐的毛利突然接到了一通電話，而打來的人是曾近因為銀行搶劫而被毛利逮捕的冰室，在電話中冰室說有一個人會因為毛利死去。毛利與冰室沖突的一面被很多人目睹，而曾經指正過冰室的沼尾不幸墜亡，毛利不光名聲受到了影響還間接為冰室做了不在場證明，看到整日酗酒的毛利后柯南準備出場了。