游戲公司社長(zhǎng)的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購(gòu)物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時(shí)，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來(lái)到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開(kāi)始懷疑這個(gè)為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

差點(diǎn)被警察發(fā)現(xiàn)的柯南和大嶺及時(shí)被阿笠博士帶走，之后小五郎也趕到阿笠博士家，聽(tīng)完柯南的分析，大家決定先找到大嶺當(dāng)時(shí)所使用的空包彈手槍，被柯南找到的手槍成為了大嶺洗清嫌疑的關(guān)鍵證據(jù)，接下來(lái)就是尋找將罪名嫁禍給大嶺的真兇，柯南再次前往遭到槍襲的地下室，并在這里發(fā)現(xiàn)了兇手留下的線索，為了讓兇手自己露出馬腳，柯南計(jì)劃了一出好戲……

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽(tīng)到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

園子的網(wǎng)球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來(lái)到了北輕井沢，柯南去廁所的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)后藤與兩名女生糾纏不清。沒(méi)想到他在和園子進(jìn)行男女混合雙打時(shí)突然昏倒在球場(chǎng)上，警方介入調(diào)查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識(shí)人員在園子手套上檢測(cè)出毒物反應(yīng)，所以山村警官認(rèn)定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會(huì)有何行動(dòng)？

小五郎受到一個(gè)名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來(lái)到群馬縣調(diào)查真相，途中他們遇見(jiàn)了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個(gè)名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯(lián)系？辰彥父親同時(shí)也是約見(jiàn)地點(diǎn)光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺(jué)得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？