在從伊豆回來的路上，因為小五郎的車子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時刻。第三開發(fā)部部長平松正樹的制品馬上就要被采用了，然而社長梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場柯南卻有著不一樣的看法。

毛利偵探事務(wù)所來了三個委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發(fā)現(xiàn)板倉已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

小蘭去找新娘香取茜草時，卻發(fā)現(xiàn)休息室內(nèi)空無一人，于是柯南和小蘭等人分頭行動。根據(jù)那張繡球花的照片，柯南在噴泉的雕像上找到了丟失的紅寶石戒指，可是茜草依舊不見蹤影，小蘭和園子在風(fēng)車木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便斷定她一定是被人綁架了，這時，時鐘響起柯南聽出了其中的怪異，便循著聲音找到了茜草，可茜草卻說真正有危險的是阿妙婆婆……

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬日元，之后因為無力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時到達那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時通過監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現(xiàn)在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開始了對整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒錯，兇手確實與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫(yī)生便尾隨其后，車子一直開到碼頭，茱蒂下車揭露出他的真實身份，而這個人就是寄信給柯南和小五郎同時也是她殺父仇人的蓓摩特。