柯南、小蘭、小五郎在吃完法國(guó)料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場(chǎng)。而之后那個(gè)中年男子在爭(zhēng)斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場(chǎng)后柯南終于揭開(kāi)了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰嚨湺鴪?bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之一)小五郎收到了一個(gè)署名Vermouth寄來(lái)的萬(wàn)圣節(jié)宴會(huì)邀請(qǐng)函，其中還附有一封奇怪的信件，而另一邊，工藤新一也受到了同樣的邀請(qǐng)，可其中的信件卻是寄給柯南的，這或許與黑暗組織相關(guān)，雖然灰原極力阻止，但柯南依舊堅(jiān)持前往。宴會(huì)當(dāng)晚，各種“鬼怪”齊聚一堂，小五郎，園子以及木乃伊、美杜莎、狼人、鐘樓怪人被分為一組，自稱是工藤新一的隱形人也加入了他們，在幽靈船船長(zhǎng)的主持下，瘋狂的恐怖宴會(huì)正式開(kāi)始！

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報(bào)的美國(guó)女演員克麗絲。同時(shí)柯南與平次為刺探可疑的外國(guó)女性、英語(yǔ)教師朱蒂的情報(bào)，一起去朱蒂的家里。就在這時(shí)從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時(shí)候平次指出了他殺的證據(jù)。

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來(lái)了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬(wàn)日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬(wàn)日元，之后因?yàn)闊o(wú)力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過(guò)監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過(guò)去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

園子的大伯次郎吉因?yàn)楣直I基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機(jī)會(huì)，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍(lán)色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報(bào)紙上向基德下戰(zhàn)書(shū)，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說(shuō)自己會(huì)走著去盜取“藍(lán)色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對(duì)層層包圍的警察和直升機(jī)，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒(méi)有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。