目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點時，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點……

在被害人波土的遺物中發(fā)現(xiàn)了他親手所寫的字條，經(jīng)紀(jì)人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經(jīng)紀(jì)人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發(fā)現(xiàn)的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經(jīng)過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。

平次參加了全國高中生劍道大賽，他在個人賽中獲得了優(yōu)異的成績，他決心打敗對手沖田然后向和葉告白。但是事情進(jìn)展的并不順利，中場休息時場外發(fā)生了一起兇殺案。裁判拔谷士道在室外廁所旁被殺害，兇手穿著京都泉心高中的劍道護具，現(xiàn)場沒有目擊者，只有一位雙目失明的老人聽到了聲響。

為了和靈魂偵探堀田凱人進(jìn)行對談，柯南跟著毛利小五郎來到了酒店，但到時發(fā)現(xiàn)堀田已被殺害，其隔壁房間的客人竟然是世良。柯南和世良在案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行了一番調(diào)查，罪犯的手法與關(guān)鍵性的證據(jù)全被找了出來，就在柯南準(zhǔn)備和往常一樣進(jìn)行推理時卻發(fā)現(xiàn)自己的變聲器不見了，而這時竟有人很自然的用他遺失的變聲器開始模仿小五郎的聲音進(jìn)行推理。

柯南和平次傳來歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內(nèi)，待柯南等人趕到時已經(jīng)喪命。經(jīng)過一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。