柯南等人搭乘環形電車的時候，突然從二號車廂里傳來慘叫，一名女子橫尸車廂，發現尸體的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵發黑并且有被針狀物刺過的痕跡，由此推斷是被人毒死的，警察趕到后對死者的三名同事進行偵訊并檢查了他們的物品，柯南發現其中一人物品很是可疑，沒錯，兇手就是她！柯南已將謎底已經解開。

半年前銀狐在完成了一件不露痕跡的暗殺后，消失匿跡。某日，一個叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務所委托小五郎找出銀狐，接受了他的委托后，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進行登山活動，同行的還有五個登山者高梨恒、平井健一，能勢新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發生了，當晚，小五郎也遭到襲擊……

前往洋子演唱會的途中，小五郎弄丟了門票，這時，碰巧遇到了一個叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會，就愿意把多余的門票讓給小五郎。當大伙兒到全代的家時發現她的妹妹美菜在一個密閉的浴室中狀似自殺死亡多時，這個浴室的門窗縫隙全部從內部用膠帶貼住，經過鑒識膠帶上只有美菜一個人的指紋，雖然警方認為這是自殺案件，但種種疑點表明這絕對是謀殺。

警方看到落地窗的鎖上有血跡，并在玻璃碎片上了發現了一個小洞，柯南和平次作出大膽推測，期間，柯南因看到遠處樹上掛著的不明物體差點墜落陽臺，而當時在旁邊的菊人卻因為懼高癥，沒有伸出援手，所幸有驚無險。在樹上找到兇器之后，兩人將所有的線索串聯起來，沒錯，兇手就是那個人！他們將所有人都叫到案發現場，說櫻庭就是兇手，可事實真是如此嗎？

小五郎受學生時代認識的房東太太宗田光江之托，開導她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數次敲門無人回應，光江用備份鑰匙把門打開，卻發現屋內一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發現了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫科大學的房客城戶，但已經為時已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認為是被人抹殺，這時，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！