妃英理律師與號(hào)稱美女檢察官的九條對(duì)簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時(shí)候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對(duì)咄咄逼人的檢察官，妃英理勢(shì)必會(huì)陷入一場(chǎng)硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

藤枝干雄被殺，雖然家中每個(gè)人的反應(yīng)有著微妙的差別，但卻都有不在場(chǎng)證據(jù)。在警方的調(diào)查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內(nèi)部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發(fā)現(xiàn)了新的疑點(diǎn)。在父親工藤優(yōu)作的暗示基礎(chǔ)上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。

為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時(shí)，他注意到了貼在地板上的走位標(biāo)記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當(dāng)他準(zhǔn)備麻醉小五郎時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒想到小五郎竟然單獨(dú)找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要?jiǎng)袼允祝?/p>

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？