少年偵探團(tuán)和阿笠博士被之前在露營(yíng)認(rèn)識(shí)的夫妻招待吃烤肉，柯南等人受到了夫妻倆的熱情招待，當(dāng)他們還在吃烤肉時(shí)丈夫表示找不到手機(jī)，夫妻兩人便一起去客廳尋找，但手機(jī)卻在庭院的椅子下面，當(dāng)步美拿去給他們時(shí)卻看到了駭人的一幕。事件看似是丈夫采取防衛(wèi)時(shí)不小心將刀刺向了妻子，但柯南卻從事件中感受到了強(qiáng)烈的不協(xié)調(diào)感。

為了完成寫(xiě)生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來(lái)到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢(xún)問(wèn)高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬(wàn)年先生都為大藏工作，小沼先生正好買(mǎi)了大藏的字畫(huà)，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬(wàn)年的訊息便是UFO。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動(dòng)中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過(guò)程中與山崎小姐發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因?yàn)樾D小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來(lái)到活動(dòng)中心時(shí)花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見(jiàn)了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場(chǎng)抓住，但事件的真相到底是什么呢？

通過(guò)大和警官對(duì)若松社長(zhǎng)死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長(zhǎng)的人，一方面開(kāi)始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒(méi)被檢查的社長(zhǎng)夫人卻死在了自己的房間里。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問(wèn)話(huà)，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒(méi)有辦法利用麻醉槍。無(wú)法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場(chǎng)推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。