阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內發現了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個半死之類的話，驚恐的灰原趁機打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個正著，這兩個人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

少年偵探團與白鳥警官在電影院偶遇，期間，他回想起了自己想要成為警官的理由，這時，一名叫笠倉那海的小姐與大家相識，并且她與白鳥警官曾經相識過女孩一樣，會用吸管包裝紙做成的花帶裝飾樂杯，難道她就是白鳥回憶中的少女？在聽說那海被跟蹤狂騷擾之后 ，大家一起前往她現居住的公寓 卻在發現她的男友橫尸家中，這是跟蹤狂犯下的命案嗎？還是這根本就是那海的自導自演？

柯南用變聲領結將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質中剩下的三名人質揪了出來，本以為一切就此結束，沒想到……

連續三年都會在生日時會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發現屋子里有著眾多的時鐘，而對于時鐘的準時性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執著。在參觀屋子的時候柯南眾人還得知了屋子以前發生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

柯南他們一行人前往亂舞璃神社的酉日集市，沒想到園子的背包竟然被頭戴火男面具的酉之男搶走。在他們第三酉日來到亂舞璃神社時，酉之男再次出現并刺傷復讀生益子士郎，益子昏迷前說“不是酉是猴子”并比劃出數字九，可這到底是什么意思？之后，警方在酉之男藏身的公園廁所里發現了三名男子火野辰男、猿川久巳、水江申次，同時還在小蘭的錢包里發現了一粒紐扣，當得知這是酉之男的紐扣后，警方對三人展開了搜查……