新田太太在路上偶遇買蛋糕的柯南和小五郎，于是，她急忙將小五郎拉到自己鄰居山本的住所，拜托他處理山本自殺的案件。從現(xiàn)場(chǎng)來(lái)看，死者山本是坐在沙發(fā)上，嘴巴大張用自己的改裝手槍結(jié)束生命，同時(shí)在扣動(dòng)扳機(jī)的瞬間也打破了裝有蝴蝶的恒溫箱，柯南認(rèn)為這是一起謀殺案，但是兇手是如何讓死者嘴巴大張，從而營(yíng)造出自殺狀態(tài)？

少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問(wèn)第二天新游戲發(fā)售的事情，沒(méi)想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長(zhǎng)的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長(zhǎng)很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L(zhǎng)追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長(zhǎng)身上裝了竊聽器，他聽到董事長(zhǎng)讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰(shuí)？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

為了做天體觀測(cè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到一個(gè)坐落在深山里的旅館，期間結(jié)識(shí)了旅館老板天土，以及應(yīng)邀而來(lái)的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準(zhǔn)備上山看星星的時(shí)候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當(dāng)晚，二川的尸體被少年偵探隊(duì)發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場(chǎng)的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說(shuō)出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對(duì)情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場(chǎng)證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來(lái)到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無(wú)角牛，可是卻沒(méi)有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒(méi)想到這時(shí)卻……