為了在春天享受滑雪之樂(lè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)搭公車(chē)前去滑雪，沒(méi)想到在新出老師和茱蒂老師上公車(chē)之后，灰原居然開(kāi)始全身發(fā)抖，就在這個(gè)時(shí)候，穿著一身滑雪裝的兩個(gè)男人將公車(chē)劫持，柯南以座位為掩護(hù)，本打算偷偷利用行動(dòng)電話(huà)通知警方，然而卻被歹徒識(shí)破并拿走了電話(huà)，歹徒是怎么準(zhǔn)確的洞察到柯南的行動(dòng)？坐在最后的三名乘客到底誰(shuí)是歹徒的同伙？他們又是通過(guò)什么來(lái)傳遞信號(hào)?

柯南在從大阪回來(lái)的新干線(xiàn)中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣(mài)者小倉(cāng)。途中車(chē)內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉(cāng)要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過(guò)程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉(cāng)血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。

柯南等也到同一個(gè)餐廳吃飯，聽(tīng)說(shuō)與這幾個(gè)漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發(fā)生了殺人事件。柯南已經(jīng)確認(rèn)了犯人的真實(shí)身份并利用因?yàn)榕莸胶Ｋ餆o(wú)法確定死亡時(shí)間這個(gè)baga套出了犯人的話(huà)，面對(duì)現(xiàn)實(shí)，犯人最終承認(rèn)了自己的罪行。因?yàn)闅⑺懒俗约旱母赣H而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發(fā)怒的兇手最終在小蘭的話(huà)語(yǔ)中認(rèn)識(shí)到自己的錯(cuò)誤。

深夜大地震，帝丹神社的秦錢(qián)被落下的鐘壓下而死亡。次日早晨開(kāi)始調(diào)查，但是事情好象并不那么簡(jiǎn)單。柯南他們開(kāi)始在鎮(zhèn)子內(nèi)搜索。發(fā)現(xiàn)死者房間中頭部留出的血沾染的竹桿?？赡苁堑卣鹬蠡胤繒r(shí)遭遇不測(cè)。在高木警官即將放棄的時(shí)刻受到柯南假扮的暮目警官的鼓勵(lì)重新振作起來(lái)查案。經(jīng)過(guò)分下調(diào)查高木警官揭開(kāi)了事情的真相。

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了魚(yú)鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線(xiàn)索，根本無(wú)法抓到兇手。這時(shí)，君惠說(shuō)她有今年祭典購(gòu)買(mǎi)號(hào)碼牌的名冊(cè)，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊(cè)死在倉(cāng)庫(kù)的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線(xiàn)索，正巧此時(shí)柯南打來(lái)電話(huà)，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門(mén)脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？