千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

小蘭和園子聊著幼稚園時(shí)的往事，新一當(dāng)時(shí)所做出的櫻花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小蘭不知道的情況下新一一直在背后默默地守護(hù)著她。櫻花班班主任江舟論介看小蘭的眼神讓新一非常在意，他認(rèn)為這個(gè)老師是故意想要和小蘭親近，他所作出的解釋看似合理，但新一依舊無法放松警惕，新一的父親工藤優(yōu)作得知后也展開了調(diào)查。

找到失蹤的貓咪后小五郎和柯南拿著酬勞準(zhǔn)備去吃飯，但他們卻突然聽到尖叫的聲音，在樓下他們發(fā)現(xiàn)一對(duì)夫妻死在了家里。死在客廳里的是身中數(shù)刀的前原圣一，而他的妻子前原早紀(jì)則被捆綁在臥室的衣櫥里窒息死亡。警方探查之后認(rèn)為殺死圣一的正是他的妻子早紀(jì)，想要掩人耳目而把自己捆起來關(guān)入衣櫥的早紀(jì)卻遇到了意外，但真相真是這樣嗎？

毛利小五郎收到了一本未出版的圖畫書，柯南發(fā)現(xiàn)書上的內(nèi)容與近日發(fā)生的爆炸案有關(guān)。目暮警官得知此事后，帶著圖書作者的編輯趕到了現(xiàn)場(chǎng)。根據(jù)編劇所言，圖書作者已因病去世，而引發(fā)爆炸案的嫌疑人正是圖書作者的哥哥。通過書上的線索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公園的炸彈，并被告知還有其他炸彈存在，柯南能否化險(xiǎn)為夷找出其余的炸彈？

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……