小蘭和柯南潛水的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)了一名女子的尸體，鎮(zhèn)上的驗(yàn)尸醫(yī)生田中認(rèn)為這是一起自殺事件，但被害人的朋友卻口口聲聲說(shuō)一定是田中殺的，原來(lái)田中為和院長(zhǎng)女兒訂婚而拋棄了死者，雖然田中的嫌疑最大，但是他卻有不在場(chǎng)證明，小五郎干著急沒(méi)辦法，而柯南則從撿垃圾的爺爺那里找到了一個(gè)破洞的游泳圈，并用空瓶子做了個(gè)簡(jiǎn)單試驗(yàn)，犯人的手法他已完全明白。

柯南向大家分析兇手是有目的的要?dú)⒛硞€(gè)人，這時(shí)，警察說(shuō)他們?cè)谀静衲抢镎业搅艘缓写艓Ш桶杏暌碌膬雌鳎?tīng)過(guò)磁帶之后，柯南揭穿了想要?dú)⑺懒x房的兇手敬子，但當(dāng)問(wèn)及真知子的死亡時(shí)，敬子卻矢口否認(rèn)，柯南說(shuō)兇手確實(shí)不是敬子而是另有其人，還沒(méi)待他講完案件，那個(gè)鬼鬼祟祟的墨鏡男出現(xiàn)了，他居然是……

柯南、小蘭和園子一起在天臺(tái)上等待看流星，和他們一起的還有三個(gè)東都大學(xué)研究所的學(xué)生，期間，野中和秋本去對(duì)面的電視轉(zhuǎn)播塔進(jìn)行攝影，臨走前秋本告訴他們會(huì)有人造衛(wèi)星經(jīng)過(guò)，讓他們注意觀測(cè)。過(guò)了一會(huì)，秋本從轉(zhuǎn)播塔那邊回來(lái)，留下野中一人攝影，就在大家看向?qū)γ娴臅r(shí)候，野中從塔上墜落，趕到現(xiàn)場(chǎng)后，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？

小五郎受學(xué)生時(shí)代認(rèn)識(shí)的房東太太宗田光江之托，開(kāi)導(dǎo)她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門(mén)無(wú)人回應(yīng)，光江用備份鑰匙把門(mén)打開(kāi)，卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫(huà)的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來(lái)醫(yī)科大學(xué)的房客城戶，但已經(jīng)為時(shí)已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認(rèn)為是被人抹殺，這時(shí)，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說(shuō)這是密室殺人事件！

阿笠博士以少年偵探團(tuán)為對(duì)象進(jìn)行了一場(chǎng)尋寶之旅，舞臺(tái)就是阿笠博士的叔叔住的一個(gè)別墅，但在他叔叔過(guò)世的50年來(lái)，這棟本不該有人進(jìn)出的別墅卻發(fā)現(xiàn)有人來(lái)過(guò)的痕跡，他們還找到了一系列由月亮、星星和太陽(yáng)組成的古怪暗號(hào)，連博士事先藏好的玩具也被人用刀劃壞，這幢別墅一定暗藏玄機(jī)。