緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？

柯南和服部必須在第九局下半場(chǎng)前解開暗號(hào)，可是時(shí)間已經(jīng)不多，這個(gè)空白暗號(hào)到底代表著什么，這時(shí)，柯南靈光一現(xiàn)想起了看臺(tái)上所缺少的17和22號(hào)門，但情況危急，必須爭分奪秒，之后服部和柯南推斷出了暗號(hào)所指的位子，沒到竟然就在小蘭她們附近，三人緊忙跑去，果然找到了第三支手機(jī)，根據(jù)手機(jī)上的數(shù)字，柯南很容易就找到了這個(gè)甲子園惡魔的位置，而他又有什么樣的苦衷？

柯南和小五郎看到和果子店老板娘相川與警察發(fā)生爭吵，詢問得知，住在這棟公寓的小澤死亡，相川說她曾看到一名男子出入小澤家，因此認(rèn)為小澤是他殺，然而從對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的勘察來說，警察認(rèn)為是自殺，于是，小五郎和柯南介入調(diào)查，并且警方還叫來了相川口中的殺人犯清水，雖然清水有足夠的不在場(chǎng)證明，但相川卻堅(jiān)持認(rèn)為兇手就是清水，這兩人之中，一定有人在說謊！

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場(chǎng)上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個(gè)地方有人愛自然也有人恨，這時(shí)，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒想到這竟然是一通恐嚇電話，這個(gè)自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬人的球場(chǎng)中展開了搜查。

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒想到這時(shí)卻……