小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

柯南、小蘭和園子一起去醫(yī)院看望國(guó)中同學(xué)的時(shí)候，遇到了拿著照片四處詢問(wèn)的本堂英祐，照片上的人正是水無(wú)憐奈，但英祐卻堅(jiān)持認(rèn)為水無(wú)憐奈和姐姐是兩個(gè)人，于是，小蘭打電話給水無(wú)憐奈的超級(jí)粉絲庵野進(jìn)行確認(rèn)，沒(méi)想到對(duì)方竟然說(shuō)她打錯(cuò)了，隨后一行人來(lái)到庵野家，他的母親正準(zhǔn)備出門取錢，柯南察覺(jué)到事有蹊蹺，斷定讓她打錢的那個(gè)人根本就是詐欺犯，在大家的幫助下，詐欺犯被送往了警局，而尋找水無(wú)憐奈也進(jìn)入了正題。

警方將這三人都帶到了地下停車場(chǎng)，他們分別是兒島、稻垣和玄田，根據(jù)受害者指著元太說(shuō)“L”的信息，步美和光彥就認(rèn)為歹徒是與元太名字相近的家伙，便分別對(duì)他們提出質(zhì)疑，但都被柯南否定。與此同時(shí)，柯南也已經(jīng)知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用變聲領(lǐng)結(jié)說(shuō)出了真相！

園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝?mèng)纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺(tái)設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時(shí)，四個(gè)路口被巨大的網(wǎng)子隔開(kāi)，猶如籠中鳥(niǎo)的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動(dòng)到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會(huì)再來(lái)。

簡(jiǎn)單問(wèn)過(guò)案情之后，小五郎隨警方來(lái)到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？