柯南隨小五郎送園子和小蘭到山里的別墅，參加在網(wǎng)上認(rèn)識的魔術(shù)愛好者見面會，在回家途中，柯南從收音機(jī)中聽到魔術(shù)愛好者的西山務(wù)在家被殺，而且還留下殺人將繼續(xù)的留言，之后小五郎和柯南急忙趕回去卻看到與山外唯一連接的橋正在燃燒，身患發(fā)燒的柯南沖入大火一個(gè)人到達(dá)別墅，很快第二個(gè)受害者濱野的尸體在雪地中被發(fā)現(xiàn)， 但周圍卻一個(gè)腳印都沒有。

小蘭在去沖繩旅行的飛機(jī)上想起了一年前新一在飛機(jī)上首次處理命案的事情，當(dāng)時(shí)正值深夜，飛機(jī)上所有的人都在睡覺，突然傳來一聲尖叫，一名叫大鷹的男子在廁所被人殺害，碰巧目暮警官也在飛機(jī)上，于是新一和目暮警官一起對機(jī)艙上所有可疑的人進(jìn)行了調(diào)查，在尋找兇器無果后，新一想到兇器一定就在兇手身上。

小五郎和朋友分開，一個(gè)人醉醺醺的在街上游蕩時(shí)，碰到了有過幾面之緣的佐知子，她邀請小五郎和她一起兜風(fēng)，之后，小五郎在送佐知子回到家時(shí)，發(fā)現(xiàn)她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當(dāng)時(shí)和小五郎在一起，有充分的不在場證明，那么到底是時(shí)間的錯(cuò)亂？還是兇手另有其人？

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說以及兇手！

少年偵探團(tuán)從事務(wù)所的答錄機(jī)上聽到天氣播報(bào)員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視臺后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機(jī)的號碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的call機(jī)收到了亞紀(jì)發(fā)來的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險(xiǎn)，經(jīng)過反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個(gè)訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。