服部平次邀請(qǐng)柯南與毛利和小蘭來大阪參觀旅行，一行人在旅行途中遇上一件離奇墜樓死亡事件。而這與之前的殺人案有著驚人的相似，疑似連續(xù)殺人案件。在柯南與平次對(duì)案情細(xì)心的推敲下發(fā)現(xiàn)整個(gè)案情指向一位女關(guān)系人，而就在這時(shí)她卻慘遭滅口，案情越趨險(xiǎn)。

平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來到東京，就在大家一起游覽東京的時(shí)候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請(qǐng)下，柯南一行人來到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒有一個(gè)結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來介入調(diào)查，這時(shí)，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務(wù)所，她拜托小五郎幫她重新調(diào)查丈夫著名魔術(shù)師九十九元康的死因，一行人來到九十九家中，見到了元康的三個(gè)學(xué)生真田一三 、三好麻子和白地裕士，簡(jiǎn)單的照面之后，他們來到元康的死亡現(xiàn)場(chǎng)——地下室，柯南仔細(xì)進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)勘查，發(fā)現(xiàn)了電話上一串奇怪的數(shù)字，期間，小蘭對(duì)柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識(shí)。

小五郎因趕著去看洋子演唱會(huì)，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個(gè)老人和因車禍?zhǔn)軅哪贻p人。某天，柯南和朋友們?nèi)メt(yī)院看望小五郎時(shí)，碰見老人的兒子關(guān)口，當(dāng)大家討論起近期發(fā)生的銀行搶劫案時(shí)，關(guān)口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點(diǎn)的柯南，暗中觀察得知關(guān)口被那伙銀行強(qiáng)盜威脅，但最終在柯南和少年偵探團(tuán)的幫助下，關(guān)口的女兒得以解救。

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開的11：0結(jié)合起來，解開了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號(hào)的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號(hào)，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……