小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術師星河童吾的奇幻魔術秀，在表演水中脫逃的時候，和葉和小蘭以為魔術失敗，便沖向舞臺準備救人，卻沒想到這只是為了營造舞臺效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時間內竟然發生了命案。

在放學回家的路上，柯南、步美等人碰到了進出珠寶店的高木警官，便一起跟了進去，想不到在這里碰上了珠寶搶匪，于是，高木警官帶著柯南等人展開了追捕，可追到屋頂時，搶匪竟然毫不猶豫的跳了下去，摔在了樓下的搬家貨車上而身亡。巧合的是這輛貨車的雇主貓田正是死者后村的老板，柯南根據搬家公司員工的說法以及目擊者提供的零星線索斷定這是一起謀殺案件。

小五郎，柯南，蘭，園子為了看伊東玉之助的劇團的戲劇表演，而前往了有名的劇院金丸座。這次，劇團上演的是以《歌劇院的怪人》為藍本改變的《金比羅劇院的怪人》的時代劇，玉之助飾演怪人，女演員輕部蘆美飾演女主角歌手。之后，在彩排中大吊燈突然落下，由于蘆美額頭受了小傷，玉之助不得不在劇院公開了被實際存在的怪人要求更換女主角的事情。

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發生了……

阿笠博士帶少年偵探隊一起去露營，就在柯南和灰原討論黑暗組織的事時，原本撿木材的元太等人氣喘吁吁的跑回來說發現了一個刻有字的石燈籠，于是柯南等人隨他們來到發現石燈籠的大宅院，沒想到他們又在這里發現了一具被人勒死的尸體，這里到底發生過什么？柯南將石燈籠暗號破解，居然是關于寶藏的信息。