柯南并沒有從步美找到的照片中發(fā)現(xiàn)重要的線索，便將破案的關(guān)鍵再次鎖定日記，仔細反復(fù)查看之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認自己的發(fā)現(xiàn)，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱歡快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團們開始尋找被困的人，就在這時之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

阿笠博士帶著少年偵探團到深山里挖竹筍的時候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來到這里別墅區(qū)的少年偵探團被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒有看到半個人影，而且留在現(xiàn)場的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團的恐慌鋼琴聲再次響起。

小五郎為錄制日賣電視臺的旅游節(jié)目來到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發(fā)生奇怪的事件，柯南發(fā)現(xiàn)這些案件的發(fā)生與宮島七大不可思議傳說相對應(yīng)。途中，大家結(jié)識了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調(diào)查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關(guān)聯(lián)？

意外的是門把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進行詢問，高明警官謊稱在門把上檢驗出他們的指紋來觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽說了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進一步進行調(diào)查時，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。