某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來之后，對吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

為了在春天享受滑雪之樂，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)搭公車前去滑雪，沒想到在新出老師和茱蒂老師上公車之后，灰原居然開始全身發(fā)抖，就在這個(gè)時(shí)候，穿著一身滑雪裝的兩個(gè)男人將公車劫持，柯南以座位為掩護(hù)，本打算偷偷利用行動(dòng)電話通知警方，然而卻被歹徒識(shí)破并拿走了電話，歹徒是怎么準(zhǔn)確的洞察到柯南的行動(dòng)？坐在最后的三名乘客到底誰是歹徒的同伙？他們又是通過什么來傳遞信號(hào)?

正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時(shí)，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個(gè)事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號(hào)的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號(hào)所指示的地點(diǎn)，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

少年偵探團(tuán)在公園看到了可疑的男人。他們知道那個(gè)男人是為了向綁架燕秋夫的犯人交贖金的之后，來到了燕宅。原來燕財(cái)閥的孫子秋夫被人綁架了。在看了秋夫的畫之后柯南發(fā)現(xiàn)秋夫有留下畫畫地方特征的習(xí)慣，尋找秋夫畫里留下的訊息成了關(guān)鍵所在。在少年偵探團(tuán)的各位的齊心協(xié)力下終于找到綁架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時(shí)，君惠說她有今年祭典購買號(hào)碼牌的名冊，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？