小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發(fā)現(xiàn)山崎社長從窗戶里掉出來摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態(tài)！調(diào)查后發(fā)現(xiàn)死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調(diào)查現(xiàn)場之后發(fā)現(xiàn)事實并非如此，黏在門把手上的奇怪東西最終讓柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份和犯罪手法。

在放學回家的路上，柯南和灰原發(fā)現(xiàn)了黑衣組織中金恩的車子，柯南在車上裝了發(fā)信器和竊聽器進行跟蹤，但被金恩發(fā)現(xiàn)，他也因此察覺到灰原的存在。柯南和灰原根據(jù)竊聽器聽到的地址，來到金恩和匹斯可等人要進行殺人計劃的杯戶飯店，這里正舉行電影導演的追悼會，在放映幻燈片期間，政客吞口重彥被殺。

金恩離開酒窖后，躲在煙囪中的灰原則依靠她變大的身體，爬到屋頂，然而剛給博士報完平安，她的身后就響起了槍聲，原來在酒窖里的時候金恩就發(fā)現(xiàn)了她。而另一邊，柯南也得知了殺害吞口重彥的兇手，也就是代號匹斯可的真實身份，在調(diào)查清楚灰原所在的位置后，柯南飛速趕到，就在金恩準備射殺灰原時，柯南向金恩發(fā)射了一枚麻醉針，灰原趁機從煙囪返回酒窖，豈料待她蘇醒過來匹斯可已出現(xiàn)在她的面前……

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書房進行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時的車庫，看到車庫的上方的窗子，更加確定了自己的推測——這起汽車爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來到小惠家，然而此次前來的目的卻是……

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號，在通過隧道的時候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過程簡直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說一模一樣，期間一個言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。