服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開(kāi)之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒(méi)有，難道這都是傳久的幻覺(jué)？

小蘭從昏迷中醒來(lái)時(shí)發(fā)現(xiàn)自己在一個(gè)小木屋里，并且身上的傷也被人包扎好了，這時(shí)，小五郎他們也找到了這里，服部在隔壁的房間發(fā)現(xiàn)了很多新線索，他把案件從新理順后，將所有人都叫到了村長(zhǎng)家，并指認(rèn)這個(gè)用刀刺傷河內(nèi)深里的人就是他身旁的工藤新一，沒(méi)想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主動(dòng)承認(rèn)自己的罪行，就在這時(shí)，死羅神出現(xiàn)。

少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起去露營(yíng)，沒(méi)想到不但迷了路就連車子也爆了胎，大家只好到深山里只住著一位老婆婆的房子借宿，隨后，又來(lái)了三個(gè)同樣因迷路而趕來(lái)過(guò)夜的三個(gè)年輕人。然而就在光彥半夜目擊到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺傷脖頸，失血過(guò)多而死，警方立刻介入調(diào)查，并在這件屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了多把刀具。

東西南北四個(gè)代表簡(jiǎn)單做了自我介紹以后，就各自回房休息，吃飯的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)導(dǎo)播被人綁在形如密室的房間內(nèi)，所幸生命沒(méi)有受到威脅，就在大伙兒忙著尋找線索時(shí)，照顧他們起居的甲谷突然說(shuō)這是比賽的第一題，北部代表越水七規(guī)承諾一小時(shí)之后就能重現(xiàn)密室手法，等待期間南部代表時(shí)津潤(rùn)哉說(shuō)起了一年前的薰衣草殺人事件。時(shí)間一點(diǎn)點(diǎn)過(guò)去，越水遲遲不現(xiàn)身，待大家趕到時(shí)，他已死在了密室中。

步美發(fā)現(xiàn)圖書(shū)館的書(shū)被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書(shū)卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。