經過不斷的調查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時又收到了來自洋房主人的簡訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現出來的臉是……

急著跑進偵探事務所的千葉警官拜托小五郎找人，與他在咖啡館相識的美緒小姐最近遭到了恐嚇，從廁所回來的千葉警官得知美緒小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四處尋找拿錯雨傘的美緒小姐時千葉警官又遭到了不明車子的襲擊。正在和小五郎他們四處尋找美緒的千葉接到了通報，而卷入殺人事件中的年輕小姐便是美緒。

這起靈異殺人事件所用到的手法柯南和平次基本都清楚了，在他們為大家揭示了這些看似詭異的手法后又發生了命案，這次被害的是消失已久的長女。案件又陷入了謎團，擔心被害的人們都躲在自己的房間里，而女仆小光的一個提示讓柯南和平次找到了新的線索，但他們現在還缺少決定性證據。

小蘭、園子和世良三人在上學途中發現了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫下的“死”字，這就和十年前工藤優作唯一沒有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調查這兩期案件的共同點，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒有明白自己父親的用意。

紅色噴漆事件是近期發生的惡性連續破壞車輛案，沒想到千葉警官的車子也遭到毒手，接到報警電話和由美警官一起趕來的女警新人竟然就是千葉警官的初戀情人淼子，知道這些的柯南等人順水推舟讓千葉和淼子一起調查此案，想要借此機會讓遲鈍的千葉回想起來，而在兩人調查的地下停車場內卻發生了追撞事故，而這次事故似乎與紅色噴漆事件有著關系。