如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

小蘭班上轉(zhuǎn)來了一個(gè)與水無很相像的男孩子本堂瑛祐，這不禁讓柯南提高了警惕，見面之后，柯南發(fā)現(xiàn)他只是一個(gè)極度迷糊的少年，也放下了心來，這時(shí)，事務(wù)所來了一個(gè)叫三角篤的男人，他委托小五郎找和自己吵架而消失的伴侶， 在柯南的提醒下，大家來到了他們初次相識的群馬滑雪場，沒想到他的伴侶居然在密閉的車內(nèi)死亡，雖然狀似自殺，但柯南認(rèn)為這是他殺案件，而兇手就是……

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時(shí)期同在推理研究會的日影的襲擊，因?yàn)閷?shí)在無法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說日影曾寄給他一份小說的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點(diǎn)被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時(shí)，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。

少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

警方并沒有找到柯南等人看到的當(dāng)時(shí)那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開的時(shí)候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官決定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……