柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時(shí)候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過(guò)一面之緣，她當(dāng)時(shí)只在座位上坐了一下什么也沒(méi)點(diǎn)就去了店外的廁所，之后與她約見的朋友莊堂來(lái)到店里，但久瀨卻再也沒(méi)有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場(chǎng)證明。

小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車主車谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f(shuō)發(fā)生車禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌娺^(guò)這兩輛車子，當(dāng)時(shí)明明是開往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)到深山里挖竹筍的時(shí)候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來(lái)到這里別墅區(qū)的少年偵探團(tuán)被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進(jìn)入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒(méi)有看到半個(gè)人影，而且留在現(xiàn)場(chǎng)的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時(shí)，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團(tuán)的恐慌鋼琴聲再次響起。

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？